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上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”成立于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院(以下简称“九院”)，2005年，上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，第九医院更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称 “九院”)。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（原宝钢医院、三级综合医院）资源整合，南北医院统一布局管理，上海第三人民医院第（1）命名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院(北院)”，第二冠名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。

第九医院是经上海市卫生局批准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院总部位于上海市中心城区黄浦区(制造局路639号)，北院/第三医院位于上海北翼宝松区(漠河路280号)。同时，在本市浦东新区，有第九医院浦东分院(严镇路166号)、高科技口腔医疗美容门诊(严桥路350号)、徐汇区、虹梅口腔医疗美容门诊(虹梅路3310号)、静安区、大沽口腔医疗美容门诊(大沽路388号)。医院承担本市基本医疗服务，主要从事急、危重、疑难疾病的治疗，也是上海市120指定医院、上海市口腔干部保健医疗指定医院。

九院总占地面积109亩(南61亩，北48亩)，总建筑面积21亩.2万平方米(南部144万平方米).7万平方米，北部6.5万平方米)。总验证床位1800张(南部1000张，北部800张)，实际开放床位1819张(南部1019张，北部800张)。口腔综合椅308张，临床科室38个，医疗技术科室10个。全院员工4301人。第九医院现有中国工程院院士4人:著名整复外科专家张教授、口腔颌面外科专家邱教授、骨科专家戴教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授。医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。